El peronismo seguía proscrito pero eso no le alcanzó al almirante Rojas, quien junto a la Marina se alzó en armas contra el gobierno intentando suspender las elecciones convocadas. Finalmente la sublevación fue controlada y su jefe, detenido. La campaña electoral fue caótica y tanto el gobierno como la oposición se mantuvieron en vilo esperando el pronunciamiento de Perón.

Desde Madrid llegó la orden del General: apoyaría a Vicente Solano Lima y Sylvestre Begnis, candidatos del Frente Nacional y Popular, integrado por la UCRI, los peronistas y algunos partidos más pequeños. La respuesta militar fue prohibir la inscripción de aquellos candidatos, y el Frente se abstuvo de participar de la elección.

Finalmente se votó el 7 de julio y la fórmula radical, integrada por Arturo Illía y Carlos Perette obtuvo 2.424.475 votos; luego Oscar Alende - Celestino Gelsi (en representación de un desprendimiento de la UCRJ) con 1.593.002 votos y Pedro Eugenio Aramburu -Horacio Thedy (Unión del Pueblo Argentino, UDELPA), cuyo eslogan fue "Vote UDELPA y no vuelve", con 1.300.000 votos. La consigna radical, "Illía le da una mano limpia, déle la suya", tuvo un efecto favorable sobre los indecisos.

Más descriptivo, el minoritario Partido de la Revolución Libertadora propuso: "Llene el Congreso de gorilas". Los votos en blanco sumaron 1. 884. 435-  Illía no consiguió mayoría en el Colegio Electoral, pero los electores de Aramburu y de otros partidos menores se volcaron por la primera minoría.

Cuando Illía se consagró presidente, la Argentina tuvo tres presidentes a la vez: Frondizi, que fue puesto en libertad y nunca había renunciado, Illía electo y Guido que era el primer mandatario efectivo. El 12 de octubre de 1963, Arturo Umberto Illía asumió la presidencia. Fue la primera vez que un primer magistrado juró en traje de calle. Hasta entonces, siempre lo habían hecho de frac (o de uniforme de gala).

Recién el año anterior a su asunción, Illía había podido comprar un automóvil. Su casa de Cruz de Eje (Córdoba) donde vivió treinta y cuatro años, había sido donada por los vecinos: organizaron una colecta a razón de un peso cada uno, para que el médico del pueblo tuviera casa propia. Su "casa" en Buenos Aires fue la Casa de Gobierno, allí dormía durante la semana, y sólo permanecía en Olivos los sábados y domingos.

Illía se autodefinió como opuesto al peronismo, a Frondizi y a Frigerio; a favor de los Estados Unidos, la constitucionalidad, el respeto por la ley, la decencia y la moralidad. El vicepresidente Perette, entretanto, despertaba más suspicacias entre los norteamericanos, y fue calificado en los informes reservados de la embajada como de perfil "rabiosamente ultranacionalista".

Pero no iba a pasar mucho tiempo para que Washington se llevara un chasco: Illía, con una firmeza inesperada, anuló los contratos petroleros de Frondizi y puso en jaque a los laboratorios controlando los abusos en los medicamentos. Fue una de las pocas veces en la historia argentina en que un presidente cumplía con sus promesas electorales.

En el brillante y exhaustivo trabajo Historia de las Relaciones Exteriores Argentinas, dirigido por Andrés Cisneros y Carlos Escudé, del Consejo Argentino para las Relaciones Internacionales (CARI) se señala que "el cumplimiento de la promesa efectuada por Illía tuvo una enorme repercusión en los círculos gubernamentales y empresariales norteamericanos, constituyendo un escollo permanente en la relación bilateral. El acuerdo petrolero cubría a las empresas extranjeras de los riesgos de expropiación, guerra o insurrección en los mercados en que operaban.

La decisión de no ratificarlo fue confirmada pocos días después de la asunción del nuevo gobierno, el día 22 de octubre, por el ministro de Economía Eugenio Blanco, quien en el almuerzo mensual de la prensa extranjera sostuvo que "el Dr. Illía, ya como candidato, como presidente electo y como titular del Poder Ejecutivo ha manifestado que no propiciará la ratificación de ningún acuerdo de garantía de inversiones extranjeras, agregando que al amparo de la Constitución y de las leyes de la República, el capital y el trabajo, tanto de los extranjeros como de los nacionales, gozarán en el país de la más amplia garantía. Ésa es la política del gobierno".

La historia que sigue desde aquel día es la historia de un juego combinado de presiones internas y externas, pero también la de un presidente que no cedió. Para colmo Illía pudo probar que la firmeza en la negociación con Washington traería buenos resultados. El asistente especial de la Casa Blanca para Asuntos Interamericanos, Ralph Dungan, intuyó la crisis que se avecinaba y se entrevistó con Illía en su primera semana como Presidente.

Dungan le planteó a Illía que el presidente John Kennedy "esperaba del gobierno argentino que no tomara iniciativas que pudieran perjudicar la política de Washington de ayuda al exterior". Si Illía concretaba su promesa electoral, "Kennedy tendría serios problemas en el Congreso para mantener la ayuda económica a la región", le dijo.

En la "interna" del gobierno se alinearon dos tendencias: Illía, Facundo Suárez (presidente de YPF) y el diputado y luego ministro Juan Carlos Pugliese, eran partidarios de una actitud moderada y contaban con el respaldo del Ejército. El grupo presidencial buscaba anular los contratos de una manera discreta y renegociarlos lo más rápidamente posible. Carlos Perette, el vicepresidente, Alfredo Concepción (secretario de Energía) y Juan Sábato subsecretario) mantenían una actitud de "borrón y cuenta nueva".

El infaltable Álvaro Alsogaray envió a fines de octubre una carta a Illía defendiendo a las empresas petroleras: "Si los contratos se transforman en un tema político, ya sea con el propósito deliberado o simplemente por un erróneo manejo, la Argentina pasará, lisa y llanamente, a un segundo plano en la consideración de los organismos internacionales y verá acentuarse a corto plazo la desocupación, la recesión económica y la inflación. (...)  Y entonces seguiremos nuestra marcha decadente en un mundo que asiste hoy a una formidable expansión".

El 15 de noviembre de 1963 Illía firmó los decretos 744 y 745/63 que anularon los contratos petroleros firmados por Frondizi. Fueron declarados "nulos de nulidad absoluta, por vicios de ilegitimidad y ser dañosos a los derechos e intereses de la Nación" los contratos de YPF con C. M. Loeb, Rhoades and Co., Astra, CADIPSA, Continental Oil Company of Argentina, Esso Argentina Inc., The Ohio Oil Co., Pan American Argentina Oil Co., Shell Production Company of Argentina Ltd., Tennessee Argentina, Union Oil Co. of California, Southeastern Drilling Co., Kerr-Mc Gee Oil Industries Inc. y SAIPEM (ENI).

La posición del gobierno contó con feroces críticas de la prensa: Clarín, manejado por el desarrollismo, desaprobó la anulación de los contratos, a los que calificó de "factor esencial de la estructura económica que debe sustentar el proceso de desarrollo de la Nación".

El semanario Primera Plana, dirigido por Jacobo Timerman, comenzó desde entonces su prédica golpista a favor de Onganía hasta que logró, tres años después, convertirse en uno de los factores más importantes de la campaña para desacreditar al Presidente ante la opinión pública "progresista".

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